L’idée de la construction d’un musée pour les collections antiques revenait à Mr Berbrugger premier conservateur,en 1838, dont il leur réserva une pièce spéciale dans la caserne des janissaires, rue Bab-Azoun et l’annexer à la bibliothèque qui ouvrit ses portes en1835. En 1845 il obtint une dizaine de chambres au Palais de la Djenina.Les objets furent transférés et exposés ensuite en 1848 dans des pièces voûtées, du bas d’une maison mauresque qui fut démolie en 1862, lors des travaux de fortifications.En 1863, le Musée est installé dans le Palais de Mustapha Pacha, rue de l’Etat Major (le musée occupe le rez-de-chaussée et l’une des salles du second étage, le premier étage est réservé à la Bibliothèque).En 1896, des épaves d’une exposition permanente d’objets d’art musulmans furent jointes aux collections d’art antique et émigrèrent sur les hauteurs de Mustapha, dans un bâtiment construit à cet effet dans un jardin botanique nommé le parc de la liberté inauguré le 19 avril 1897. Des salles nouvelles furent adjointes au noyau primitif, et grâce au savant Stéphane Gsell elles ne tardèrent pas à se meubler. Le musée s’enrichit notamment par l’acquisition de la collection Ben Aben à la suite d’une exposition organisée à Alger en 1905.